بيشتر مورخان گفته اند كه سال تولدش 57 قمرى بوده است، بنابراين وى چهار سال پيش از واقعه كربلا به دنيا آمد و همراه پدر بزرگوارش در اين واقعه جانسوز حضور داشت.
پدرش امام على بن الحسين(ع) معروف به سجاد و زين العابدين و مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبى (ع) معروف به ام الحسن و ام عبدالله مى باشند.
چون نَسَب شريف امام محمدباقر علیهالسلام هم از پدر و هم از مادر به امام علی(ع) و حضرت فاطمه زهرا (س) مى رسد، به ايشان علوى بين علويين و فاطمى بين فاطميين گفته مى شود.
اين امام همام پس از شهادت پدر ارجمندش امام زين العابدين علیهالسلام در سال 95 قمرى به مقام عظماى ولايت و امامت شيعيان نايل شد و پيروان اهل بيت علیهمالسلام را در آن درياى مواج سياسى و نظامى عصر خويش و هرج و مرج هاى آخر حكومت امويان به نيكى هدايت و رهبرى كرد.
با اين كه ميان رحلت پيامبر صلی الله علیه و آله و تولد امام محمدباقر علیهالسلام به مدت 47 سال فاصله بود در عين حال آن حضرت، سلام گرم و دلنشين پيامبر صلی الله علیه و آله را از سوى جابر بن عبدالله انصارى دريافت كرد.
جابر بن عبدالله كه يكى از ياران رسول خدا(ص) و از محبان اهل بيت علیهمالسلام بود در سنين كودكى و نوجوانى امام محمدباقر(ع) وى را در آغوش گرفت و سلام پيامبر(ص)را به وى ابلاغ كرد.
امام محمدباقر(ع) از آغاز زندگى تا شهادت خويش با 11 تن از خلفا معاصر بود كه همه آنان جز يكى از طايفه خبيثه بنى اميه بودند.
مرقد مطهر امام باقر(ع) در قبرستان بقيع، در كنار پدرش امام زين العابدين علیهالسلام و جد مادرى اش امام حسن مجتبى علیهالسلام زیارتگاه شیعیان است.